La estructura agraria colonial puede manifestarse como una continuación renovada del legado de conquista, pero a la vez conforme a las nuevas expectativas de la economía liberal.
La estructura agraria en la América Colonial se caracterizó, en un primer momento (siglos XVI y XVII), por estar en segundo lugar con respecto a la minería; como lo evidencia los esfuerzos privados llevados a cabo por los conquistadores. La actividad minera era rentable, y se volvió una práctica rentable y atrayente para una Corona en el paradigma absolutista y mercantilista, incluso hasta el siglo XVIII.
Este legado de conquista dejó una unidad de producción agraria que conocemos como la encomienda (pero que abarcaba múltiples actividades económicas). ¿De qué se trataba? La encomienda era, en esencia, un repartimiento de aborígenes que debían ser instruidos en la Fe y las costumbres sociales españolas a cambio de un tributo: el uso de ellos como mano de obra para extraer los frutos de la Tierra, lo cual incluía implícitamente los servicios personales a sus señores encomenderos. Claro está que la interacción entre el encomendero y el indio presenta numerosos matices en la Historia Americana (Desde situaciones de injusticia hacia los indios por parte de sus encomenderos, hasta casos donde los indios podían rebelarse con su señor si este no cumplía con lo pautado en el contrato de encomienda.)
El ocaso de la encomienda comenzó a pronosticarse a finales del siglo XVI, cuando dos inconvenientes alcanzaron su punto máximo de ebullición: Uno era la crisis demográfica, denominada así porque los indígenas disminuían a pasos agigantados su población, siendo una de las principales razones el extenuante trabajo junto a las enfermedades traídas del Viejo Mundo. Los indígenas estaban acostumbrados al trabajo comunal, a la aldea indígena, y no a trabajos de claras características productivas y no de subsistencia. El otro problema fue la inmigración de nuevos productores españoles (a partir de 1570 aproximadamente) que obtenían las tierras por subdivisión de las que ya estaban. Así la encomienda disminuyó en rentabilidad, pero se siguió efectuando en menor medida hasta finales del siglo XVII.
Un segundo momento (siglos XVII y XVIII) surgió con el cambio hacia una nueva unidad productiva: la hacienda. Está fue la consecuencia de una serie de reformas (conocidas también como Reformas Borbónicas) que en 1776 alcanzaron su madurez, y que principalmente pretendían proteger los nexos comerciales entre la Metrópoli y sus Indias de los potenciales enemigos. Una forma de velar por esta seguridad fue la de enviar una oleada de funcionarios españoles que se encargaron de los asuntos americanos y de continuar los nexos con Europa. Aquí se los denominó «peninsulares», caracterizados por una fuerte actividad comercial que le hacía frente a los que realizaban actividades primarias, los «criollos». Sin duda, los cambios fueron mucho más profundos, puesto que se diversificaron las exportaciones, creando numerosos circuitos comerciales y productivos. Un ejemplo, fue el renacer de la Antillas, con florecientes economías de monocultivo de cacao, tabaco, y azúcar. La novedad de la hacienda fue el trabajo asalariado: los indígenas eran contratados como peones, y ellos podían elegir para quien hacerlo. La desventaja fue que sus patrones se las arreglaban para endeudarlos y así mantenerlos por más tiempo. Además el trabajo fue doble para el indio: se encargaba de las tierras de su patrón, pero a la vez debía trabajar las suyas. Contradictoria, pero real, la hacienda se convertió en una práctica anticipada del sistema económico liberal, el cual se potenció con la gran expansión del capitalismo durante el siglo XIX.